เทศบาลเมืองบ้านพรุ ตั้งอยู่ในท้องที่ตำบลบ้านพรุ อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา เดิมมีสภาพเป็นพรุ บ้านพรุนับได้ว่าเป็นชุมชนเก่าแก่แห่งหนึ่งซึ่งตั้งชุมชนอยู่ในแถบลุ่มน้ำคลองอู่ตะเภามาตั้งแต่สมัยโบราณ แต่ไม่ได้มีการจดบันทึกไว้เป็นหลักฐานอย่างชัดเจนเพียงพอที่จะนำมาอ้างอิงทางวิชาการได้ เนื่องจากข้อมูลที่มีอยู่เป็นเพียงการบอกเล่าของผู้เฒ่าผู้แก่สืบต่อ ๆ กันมาหลายชั่วอายุคน และเท่าที่ค้นพบหลักฐานตามบันทึกของนายสงค์ รักษ์วงศ์ อดีตกำนันตำบลบ้านพรุ ระบุว่าชื่อของตำบลบ้านพรุนั้นมีที่มาจากภูมิประเทศอันเป็นที่ตั้ง ซึ่งเมื่อก่อนมีสภาพเป็น “พรุ” กระจายอยู่ทั่วไป ปัจจุบันพรุก็ยังหลงเหลืออยู่ เช่น พรุพลี พรุค้างคาว เป็นต้น

ตามบันทึกระบุว่าสมาชิกคนแรกที่เข้ามาตั้งถิ่นฐานในบ้านพรุ คือ “ตางกเง็ก” ที่มีบ้านเดิมอยู่ที่ควนจง โดยเข้ามาบุกเบิกถางพงเพื่อสร้างบ้านเรือนเมื่อประมาณ 200 ปีก่อน เพราะพื้นที่ของบ้านพรุนั้นเหมาะสำหรับการทำการเกษตร ไม่ว่าจะเป็นการเพาะปลูก ทำไร่ ทำนา ทำสวน หรือการเลี้ยงสัตว์ ที่เหมาะกว่าควนจง ซึ่งเป็นที่ดอน หลังจากตางกเง็กเข้ามาบุกเบิกระยะหนึ่ง ลูกหลานและเพื่อนบ้านแถบควนจง และใกล้เคียงย้ายถิ่นฐานเข้ามาปักหลักเพิ่มขึ้น จนกลายเป็นชุมชนขนาดใหญ่ และกลายเป็นหมู่บ้านและตำบลจนถึงปัจจุบัน จากคำบอกเล่าต่อ ๆ กันมาบอกว่า เมื่อก่อนที่นี่ไม่มีกำนัน ไม่มีผู้ใหญ่บ้าน มีแต่ “หัวบ้าน” ต่อมาภายหลังจากที่มีการประกาศใช้กฎหมายปกครองท้องที่ จึงได้มีการแต่งตั้งกำนัน ผู้ใหญ่บ้านขึ้น ซึ่งมี “นายบุญทอง ศรีสุวรรณโณ” เป็นกำนันคนแรกของตำบลบ้านพรุ
ความเจริญของตำบลบ้านพรุที่มีมากขึ้นเรื่อย ๆ ตามการขยายตัวของชุมชน กระทรวง มหาดไทยจึงได้ประกาศตั้งตำบลบ้านพรุ (พื้นที่บางส่วน) เป็น “สุขาภิบาลบ้านพรุ” ตามประกาศกระทรวง มหาดไทย ลงวันที่15 พฤศจิกายน พ.ศ.2508 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 82 ตอนที่ 103 ลงวันที่ 30 พฤศจิกายน พ.ศ.2508 คลอบคลุมพื้นที่ หมู่ที่ 1 หมู่ที่ 3 และหมู่ที่ 4 ของตำบลบ้านพรุ มีเนื้อที่ 1.43 ตารางกิโลเมตร โดยกำหนดให้มีกรรมการสุขาภิบาล 11 คน มาจากการแต่งตั้ง 7 คน และมาจากการเลือกตั้งของประชาชน 4 คน ต่อมาใน พ.ศ.2530 สุขาภิบาลบ้านพรุได้มีประธานที่มาจากการเลือกตั้งของประชาชน โดยมีนายอำเภอเป็นที่ปรึกษา
พ.ศ. 2528 ได้ขยายเขตสุขาภิบาลบ้านพรุ ครอบคลุมอีก 4 หมู่บ้าน คือ หมู่ที่ 2 หมู่ที่ 5 หมู่ที่7 และหมู่ที่ 9 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 62 ตอนที่ 38 ลงวันที่ 1 เมษายน 2528 รวมพื้นที่ 12.15 ตารางกิโลเมตร มีประชาการ 15,352 คน จำนวนครัวเรือน 2,876 ครัวเรือน

พ.ศ. 2537 เมื่อสุขาภิบาลบ้านพรุมีความเจริญขึ้น จำนวนประชาการหนาแน่นขึ้น จึงมีพระราชกฤษฎีกา จัดตั้งเทศบาลตำบลบ้านพรุ อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา พ.ศ. 2536 โดยยกฐานะจากสุขาภิบาลบ้านพรุและพื้นที่ใกล้เคียงขึ้นเป็น “เทศบาลตำบลบ้านพรุ” ประกาศใน ราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 110 ตอนที่ 223 ลงวันที่ 27 ธันวาคม 2536 โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 27 มกราคม 2537 มีพื้นที่ 17.97 ตารางกิโลเมตร มีประชากร 16,014 คน จำนวนครัวเรือน 4,341 ครัวเรือน
พ.ศ. 2545 เมื่อเทศบาลตำบลบ้านพรุมีความเจริญทางเศรษฐกิจและสังคมเพิ่มขึ้น จึงได้ มีการเปลี่ยนแปลงฐานะเทศบาลตำบลบ้านพรุ เป็น “เทศบาลเมืองบ้านพรุ” ตามพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งเทศบาลเมืองบ้านพรุ พ.ศ. 2545 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 119 ตอนที่ 63 ก ลงวันที่ 6 มิถุนายน 2545 โดยมีผลตั้งแต่วันที่ 7 มิถุนายน 2545 เป็นต้นไป